Naruto se vrátil ze svého výcviku a nachází vesnici uprostřed boje se šéfem Akacuki. Nindžové zvolna prohrávají a Hokage dělá, co je v jejích silách, aby ztráty udržela na minimu. Jen Nartuto sám tak stojí mezi Painem a zničením své milované Konohy. Aby ji však mohl zachránit, musí odhalit skutečnou totožnost Paina a překonat útoky jeho nesmrtelných klonů.